幾百年前，神秘美國爆發南北戰爭，島梗有五位北軍俘虜。神秘他們、島梗聰明，神秘擁有一顆愛國的島梗心。五個人相識后，神秘偷偷乘坐情報氫氣球逃出南軍基地，島梗并且是神秘在風交加的，可見他們的島梗勇氣。   第二天夜晚，神秘五人順利起航，島梗沒想到遭到強烈的神秘風暴，他們徑直飄往太平洋，島梗最終在拋掉氣球上絕大多數東西后，神秘幾人在一個小島上降落。這里荒無人煙，一點雜草都沒有，周圍盡是海水大浪。噩耗傳來，最有智慧的人史密斯和他的托普不見了，大很，決心第二天去他，沒想到托普率先跑來，帶大家找到了史密斯。   等到史密斯恢復體力后，大家開始思考史密斯是怎么從海洋里有回到陸地上的，稍作猜測后，眾人開始去探索島嶼，他們為島取名為林肯島。接著，幾人在花崗巖石壁里的洞穴里安家，史密斯與潘克洛夫制造出許多生活必需品，如玻璃、瓦片等。他們還去打獵，發現了許多飛禽走獸和類。   他們不斷探險，史密斯竟然用一粒麥穗種子種出一片稻田。這時，他們在海岸邊發現一個木箱，里面有書籍、槍械、工具等物品，的同時又感到疑惑，這箱子從哪來的，結合之前發生的事情，獵物被 偷 ，史密斯 起死回生 以及花崗巖宮里水井傳出怪聲。大家懷疑島上另有其人！   過了好幾年，五人在與猩猩 打戰 中勝利，并收養了一只猩猩，取名杰普，作為 仆人 和；一次環島途中，潘克洛夫、赫伯特和史佩萊在對面的 達報島 就出被流放十二年的英國人艾爾通，將其重返人性后，安置在羊圈附近的草屋里，當看羊人。六個人和兩只動物，正式成為島上的 國王 ，過著與社會相同 奢侈 的生活。   這天，艾爾通說出自己的秘密，原來，他是大洋洲的海島頭子，與手下準備搶走格蘭特船長的船，沒想到計劃失敗，為了贖罪，艾爾通自愿來到林肯島待上十四年，然后再接回英國；大家有了，等著船長來接艾爾通，這樣 戰俘 們就能回美國了。   原以為的能一帆風順，可是赫伯特再一次用老相機照相時發現中有一艘船的一件物品，它不是救援船而是海盜船！居民們做好了迎戰海盜的準備，據艾爾通的偵查，這些人正是艾爾通幾十年前的同伙，同伙比以前還兇狠，早忘記了艾爾通，艾爾通險被殺。他們與海盜大戰起來，但海盜的武器火槍比居民的更先進。居民們只有幾桿火槍，六人只能躲進花崗巖宮里，卻不料被海盜發現，海盜頭子獨眼龍下令炮轟宮殿，千鈞一發時刻，海盜船突然爆炸，掀起五十多米高的巨浪，船被撕成兩半，海盜們雙雙亡命，其中六個海盜提前逃到島上。   史密斯帶領眾人搜刮了海盜船殘骸一番，獲得了許多物資，發現船是被水雷炸裂的。水雷威力極大，到底是誰干的呢？后來，赫伯特患上瘧疾，危機時刻，石宮里忽然出現藥品治好赫伯特，剩下的六個海盜被發現時，已慘死沙灘，是誰在一直幫助著他們？神秘人現身了，他用電線引來居民，他就是尼摩船長，自從上次幾個法國人從尼摩船長手中逃走以及船員紛紛去世后，他就開著這鸚鵡螺號水下潛艇在林肯島的地下洞穴里生存，尼摩船長已經快要死了，他真發著高燒，安排好后事后，他將海底寶物贈送給居民，史密斯據尼摩船長的遺囑，忍痛將潛艇閘門打開，尼摩船長和潛艇沉入海底。   格蘭特船長的兒子如約來到島上解救居民。此時，島上的火山噴發，整個島緩緩下沉，最后成為太平洋上的一塊礁石。居民們回到美國，正義的北軍已經勝利，居民們用寶物買了一大塊私有土地，用林肯島上的東西命名，幾個活在了一起，成了富豪，并與格蘭特船長的兒女親戚建立了，經常與他們聚會。